Johdanto

Tutkimus käsittää kuntaliiton nimikkeiden mukaiset kvantitatiiviset fuusiogeenitutkimukset:
B -PML/RARA -geenien fuusio-RNA t(15;17) verestä (kvant) tai
Bm-PML/RARA -geenien fuusio-RNA t(15;17) luuytimestä (kvant)

PML-RARA -fuusiogeeni syntyy kromosomitranslokaatiossa t(15;17)(q24.1;q21.2). Se on tyypillinen akuutille promyelosyyttileukemialle (APL, AML/M3). APL muodostaa 10-15 % nuorten aikuisten akuuteista myelooisista leukemioista (AML), mutta lapsipotilaiden AML:sta se muodostaa pienemmän osan. Geenifuusioon osallistuvat geenit sijaitsevat kromosomiraidoissa 15q24.1 (promyelocytic leukemia, PML) ja 17q21.2 (retinoic acid receptor alfa, RARA). Joissain tapauksissa RARA-geeni voi fuusioitua myös jonkun muun partnerin kanssa, kuten PLZF (11q23), NPM1 (5q35), NUMA1 (11q13) ja STAT5B (17q21). Näissä hyvin harvinaisissa tapauksissa tauti on morfologisesti APL, mutta PML-RARA -fuusiogeenitutkimus jää negatiiviseksi.

RARA-geenin katkoskohdat sijaitsevat aina 17 kb:n pituisessa intronissa 2. PML-geenissä katkoskohta voi sijoittua jollekin seuraavista kolmesta alueesta: introniin 1 (bcr1 n. 55 % tapauksista), eksoniin 6 (bcr2 n. 5 % tapauksista) tai introniin 3 (bcr3 n. 40 % tapauksista). Tämän seurauksena voi syntyä kolme eri PML-RARA -isoformia: pitkä (L bcr1), variantti (V bcr2) tai lyhyt (S bcr3). Tässä tutkimuksessa voidaan käytetystä alukeparista riippuen tunnistaa mikä tahansa näistä kolmesta yleisimmästä transkriptista (bcr1, bcr2, bcr3). Mikäli potilaalla on diagnoosivaiheessa todettu jokin näistä fuusiotranskripteista, tätä tutkimusta voidaan käyttää jäännöstaudin määrityksessä.  

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaan. Kontrollina toimivan ns. housekeeping-geenin, GUSB (glucuronidase beta) -geenin, monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollaa.

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio puh. 03-311 75424
Sairaalageneetikot puh. 050-347 6382, 03-311 74768

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka, kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä PML-RARA -fuusiogeenin lähetti bcr1, bcr2 tai bcr3.

Lähete/tutkimuksen tilaaminen

Atk-pyyntö: näytelaadusta riippuen joko 9641 (veri) tai 9642 (luuydin). Mikäli atk-pyyntöä ei ole mahdollista tehdä, täytetään huolellisesti genetiikan lähete, joka löytyy ohjekirjan Lähetteet-kansiosta.

Näyte

Tutkimukseen suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kysymykseen vain, jos ei saada edustavaa luuydinnäytettä.

Luuydin: sitraattiruiskulla n. 3-4 ml luuydintä CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 ml draw capacity.

Veri: 2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 ml draw capacity.

HUOM! Merkitse putkeen todellinen näytteenottoaika. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta.

Näytteen säilytys, kuljetus ja esikäsittely

Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25°C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 8-10 kertaa ylösalaisin. Putket voidaan lähettää huoneenlämmössä normaalina yön yli postina. Pidempiaikainen säilytys huoneenlämmössä, pimeässä ja pystyasennossa. Näyte tulee toimittaa mahdollisimman pian genetiikan laboratorioon.

Menetelmä

Tutkimuksessa käytetään lähtömateriaalina näytteen mononukleaarisista soluista (CPT-putki) eristettyä RNA:ta. Siitä syntetisoitua cDNA:ta tutkitaan TaqMan-kemialla reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR-menetelmällä.

Tulos valmiina

Tulos on valmiina kahden viikon kuluessa.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan lausunto. Lausunnosta ilmenee mahdollisen jäännöstaudin määrä suhteessa potilaan diagnoosivaiheen näytteeseen. Tulos normalisoidaan GUSB-kontrolligeenin suhteen. Negatiivisen tuloksen yhteydessä ilmoitetaan PCR-ajossa saavutettu herkkyys.

Virhelähteet

CPT-putken sentrifugointi kahden tunnin sisällä näytteenotosta ja putken pidempiaikainen säilytys valolta suojattuna on oleellisen tärkeää näytteestä tehtävän tutkimuksen onnistumisen kannalta.